Época Prehispánica

Su colonización agrícola y ganadera se inició a partir del año 1546, con estancias concedidas por el Gobernador de Nueva Galicia, Vázquez de Coronado a los españoles Rodrigo de Vázquez y Juan de Jasso. Los chichimecas al verse invadidos mantuvieron un estado de guerra contra los españoles, "La Guerra Chichimeca". Los colonos españoles, mineros y ganaderos, ante esta situación, solicitaron a las autoridades virreinales la fundación de un poblado mayor para tener una mejor protección.
Es así como Juan Bautista de Orozco fundó la villa de León el 20 de enero de 1576, realizando el trazo de la misma e instalando su primer ayuntamiento, cumplimentando la orden del Virrey Martín Enríquez de Almanza del día 12 de diciembre de 1575, que en el Valle de Nuestra Señora se fundara, con el nombre de León, lugar de origen del Virrey, un asentamiento.
A los indígenas se les agrupó en dos comunidades cercanas a la entonces villa, otomíes en la de San Miguel, purépechas, mexicas y chichimecas pacíficos en la del Coecillo. Las que con el tiempo llegaron a ser reconocidas como pueblos.

Para combatir a los negros sublevados en esta región, en el año de 1580 León es elevado a la categoría de Alcaldía Mayor, separándola de Guanajuato, y asignándosele a su jurisdicción un amplio territorio, desde la sierra de Comanja al río Lerma. Lo que comprendía además de la extensión del municipio actual, los ahora municipios vecinos de San Francisco del Rincón, Purísima del Rincón (Purísima Concepción), Cd. Manuel Doblado (San Pedro Piedra Gorda), Huanímaro, Abasolo, Cuerámaro y Pénjamo. El límite occidental de la alcaldía mayor leonesa era el lindero de los reinos de la Nueva España y el de la Nueva Galicia.

En 1582 el Padre Espino fundó el primer hospital al que llamó de San Cosme y San Damián.

Los Jesuitas llegaron a León en 1731 y, fundaron la Compañía Vieja, en el lugar del Templo moderno del Inmaculado, y construían el Templo de la Compañía Nueva, que al paso del tiempo se convirtió en la Catedral, cuando fueron expulsados el 25 de junio de 1767 de todos los dominios españoles. El 2 de julio de 1732 llegó a León la imagen de la Madre Santísima de la Luz.

En 1787, la antigua alcaldía mayor de León queda como subdelegación dependiente de la Intendencia de Guanajuato, una de las 12 en que quedó dividido el virreinato.

Los pobladores de la villa de León durante la colonia sufrieron pestes (Matlazáhuatl 1643, sequías (1630, 1712-1714), hambrunas (1714, 1786), e inundaciones periódicas (1637, 1749, 1762, 1803).